呼玛县内河流被伊勒呼里山切割成南北两大水系。南坡流域为嫩江水系,主要支流有二根河,嘎拉河等;北坡流域为黑龙江水系,主要支流有呼玛河、宽河等。边境河流黑龙江流经境内长度377.5公里,流域面积12.73平方公里;呼玛河流经境内长度209.6公里,在呼玛县境内汇入黑龙江;嫩江及其源头之一的二根河是呼玛县与内蒙鄂伦春自治旗的一段界江,嫩江在县境内江段75.6公里,流域面积1605平方公里。