呼玛县内大小河流39条,水面面积28.11万亩,被伊勒呼里山切割成南北两大水系。南坡流域为嫩江水系,主要支流有二根河,嘎拉河等;北坡流域为黑龙江水系,主要支流有呼玛河、宽河等。边境河流黑龙江流经境内长度377.5公里,流域面积12.73平方公里;呼玛河流经境内长度209.6公里,在呼玛县境内汇入黑龙江;嫩江及其源头之一的二根河是呼玛县与内蒙鄂伦春自治旗的一段界江,嫩江在县境内江段75.6公里,流域面积1605平方公里。
全县有自然泡沼331个,水面6899亩,江河泡水面总面积占全县面积的1.3%。
全县人均水量10.4万立米,高于全省和全国水平。水资源总量为37.5亿立方米(过境水量未计)。初步查明可开发的水能资源的装机容量近50万千瓦(不包括黑龙江)。目前,已经开发利用的有三卡乡境内宽河上游的全国最北水电站桃源峰水电站,库容1.05亿立方米,装机容量10.5MW,占总开发量的0.26%。